스타트업에 다니는 사람이라면 입사 계약서에 “스톡옵션 1만 주”라는 문구를 한 번쯤 봤을 것이다. 그런데 막상 회사가 잘돼서 행사할 시점이 오면 다들 똑같은 질문을 한다. “이거 행사하면 세금은 얼마나 내야 하지?” 검색해보면 “근로소득세 과세”라는 말과 “비과세 특례”라는 말이 뒤섞여 나오는데, 둘 다 맞는 말이다. 다니는 회사가 벤처기업 인증을 받았는지, 행사이익이 얼마인지에 따라 세금이 0원일 수도, 수천만 원일 수도 있다. 이 글에서는 스톡옵션 세금이 매겨지는 기본 구조부터 벤처기업 특례, 실제 숫자로 계산한 시나리오까지 순서대로 정리한다.
스톡옵션 세금은 언제, 어떤 소득으로 매겨지나
스톡옵션(주식매수선택권)은 정해진 가격(행사가액)으로 회사 주식을 살 수 있는 권리다. 세금이 발생하는 시점은 옵션을 “받았을 때”가 아니라 “행사했을 때”다. 행사가액과 행사일 시가의 차액, 즉 행사이익이 과세 대상 소득이 된다.
- 행사이익 = (행사일 시가 − 행사가액) × 행사 주식 수
이 행사이익은 원칙적으로 근로소득으로 본다. 재직 중인 임직원이 회사로부터 부여받은 스톡옵션을 행사한 경우가 여기 해당하며, 매월 급여처럼 원천징수되고 다음 해 5월 종합소득세 신고에서 다른 근로소득과 합산된다. 즉 스톡옵션 행사이익은 별도 세율이 적용되는 게 아니라 연봉에 그대로 더해져서 누진세율 구간을 밀어올리는 방식으로 과세된다. 행사이익이 크면 최고 45% 구간(지방소득세 포함 최대 49.5%)까지 올라갈 수 있다는 뜻이다.
다만 두 가지 예외가 있다.
- 퇴사 후 행사: 이미 퇴사한 회사의 스톡옵션을 행사하면 근로소득이 아니라 기타소득(세율 22%, 필요경비 없음)으로 분류되는 경우가 많다. 재직 중 행사보다 세율이 유리할 수도, 불리할 수도 있어 상황별 확인이 필요하다.
- 행사 후 주식을 팔 때: 행사해서 취득한 주식을 이후에 매도하면 그때 발생하는 차익은 근로소득이 아니라 양도소득세 대상이다. 비상장주식 양도세율은 중소기업 기준 10~20%대로, 국내주식 세금 구조와 같은 원리로 움직인다. 자세한 세율 구간은 국내주식 세금 총정리에서 다뤘다.
여기까지가 일반 회사(벤처기업 인증이 없는 상장·비상장 법인)의 기본 원칙이다. 문제는 대부분의 스타트업이 벤처기업 인증을 받고 있고, 이 경우 완전히 다른 특례가 적용된다는 점이다.
벤처기업 스톡옵션 특례 — 비과세 2억, 분할납부 5년
조세특례제한법 제16조의2·제16조의3은 벤처기업(및 코넥스 상장 벤처기업) 임직원에게 두 가지 큰 혜택을 준다.
| 구분 | 일반 법인 스톡옵션 | 벤처기업 특례 스톡옵션 |
|---|---|---|
| 과세 시점 | 행사 시점, 행사이익 전액 | 행사 시점, 연 2억 원 초과분만 |
| 비과세 한도 | 없음 | 연간 2억 원, 누적 5억 원 (한 회사 기준) |
| 세율 적용 | 근로소득 합산, 누진세율(최고 45%) | 초과분만 근로소득 합산 |
| 납부 방법 | 원천징수 + 익년 종합소득세 정산 | 신청 시 5년간 분할납부 가능 |
| 시가 이하 발행 한도 | 상법상 제한 | 2026년 1월부터 1인당 20억 원 (기존 5억 원) |
| 최소 행사 제한기간 | 회사 규정에 따름 | 부여 후 1년 (2026년부터 2년→1년 단축) |
비과세 한도는 2023년 1월 1일 이후 행사분부터 기존 연 5천만 원에서 연 2억 원·누적 5억 원으로 대폭 상향됐고, 이 기준이 2026년 현재까지 유지되고 있다. 예를 들어 한 해 행사이익이 1억 8천만 원이면 전액 비과세다. 3억 원이면 2억 원은 비과세, 나머지 1억 원만 과세 대상이 된다.
여기에 더해 과세 대상이 되는 초과분에 대해서도 5년 분할납부 특례를 신청하면 한 해에 몰아서 내지 않고 5년에 걸쳐 나눠 낼 수 있다. 세율 자체가 낮아지는 건 아니지만, 목돈이 한 번에 빠져나가는 유동성 부담을 줄여준다는 점에서 실질적인 혜택이다.
이 특례를 받으려면 회사가 벤처기업 인증을 보유하고 있어야 하고, 부여 당시 요건(발행 한도, 행사가액 산정 방식 등)을 갖춘 “적격 스톡옵션”이어야 한다. 벤처기업 인증 여부는 벤처기업 확인시스템(certi.venturein.or.kr)에서 회사명으로 조회할 수 있고, 실무적으로는 회사 인사·재무팀에 스톡옵션 부여 계약서상 “조특법 제16조의2 특례 대상 여부”를 먼저 확인하는 게 가장 정확하다.
실제 계산 예시 — 행사이익 3억 원이면 세금이 얼마나 갈릴까
연봉 7천만 원인 직장인이 비상장 벤처기업에서 받은 스톡옵션을 행사해 행사이익 3억 원이 발생한 경우를 비교해보자. (지방소득세 포함, 단순화를 위해 다른 공제는 배제한 근사 계산이다.)
케이스 A — 벤처기업 특례 적용
– 비과세 처리: 2억 원
– 과세 대상: 1억 원 (연봉 7천만 원에 합산 → 과세표준 구간이 35~38% 근처로 이동)
– 5년 분할납부 신청 시 연간 세금 부담이 약 1/5 수준으로 분산됨
– 실효세금은 대략 3,000만~3,800만 원 수준(초과분 1억 원 기준), 이를 5년에 나누면 연 600만~760만 원 규모
케이스 B — 벤처기업 인증이 없는 일반 법인
– 비과세 없음, 3억 원 전액이 연봉에 합산
– 과세표준이 최고세율 구간(45%, 지방세 포함 49.5%)에 근접
– 실효세금은 대략 1억 1,000만~1억 3,000만 원 수준, 분할납부 불가 → 익년 5월 일시납
같은 3억 원 행사이익이라도 벤처기업 특례 여부에 따라 실제 부담 세금이 3~4배 차이 날 수 있다는 뜻이다. 정확한 세액은 본인의 다른 소득, 공제 항목에 따라 달라지므로 국세청 홈택스나 계산기 허브의 소득세 계산기로 본인 급여를 반영해 재계산해보는 걸 권한다.
신청 절차와 놓치기 쉬운 부분
- 비과세·분할납부는 자동 적용이 아니다. 회사(원천징수의무자)가 스톡옵션 행사 시 국세청에 신고하면서 특례 적용 여부를 함께 처리하는 구조이므로, 행사 전에 인사·재무팀에 “조특법 특례 대상인지, 신청 절차는 어떻게 되는지”를 먼저 물어봐야 한다.
- 분할납부를 신청하지 않으면 자동으로 일시납으로 처리된다. 5년 분할은 신청주의이므로 시기를 놓치면 되돌릴 수 없다.
- 행사 후 주식을 오래 보유할수록 양도소득세 리스크도 커진다. 비상장주식은 거래가 뜸해 시가 산정이 애매한 경우가 많고, 매도 시점에 따라 대주주 요건(지분율·시가총액 기준)에 걸리면 세율이 달라질 수 있다. 대주주 판정 기준은 주식 대주주 양도소득세 완전 정리에서 다룬 내용과 같은 원리다.
- 누적 5억 원 한도는 “한 회사 기준”이다. 이직해서 다른 벤처기업에서 새로 스톡옵션을 받으면 한도가 초기화된다는 점도 참고할 부분이다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q1. 스톡옵션을 행사하지 않고 옵션 자체를 팔면 세금은 어떻게 되나요?
국내 비상장 벤처기업의 스톡옵션은 대부분 양도가 제한돼 있어 옵션 자체를 매매하는 경우는 드물다. 일반적으로는 행사해서 주식을 취득한 뒤, 그 주식을 매도하는 방식으로만 현금화가 가능하며 이 경우 앞서 설명한 근로소득세(행사 시점)와 양도소득세(매도 시점) 두 단계로 과세된다.
Q2. 우리 회사가 벤처기업인지 어떻게 확인하나요?
벤처기업 확인시스템(certi.venturein.or.kr)에서 회사명 또는 사업자등록번호로 조회하면 인증 유효기간까지 확인할 수 있다. 인증이 있어도 부여 당시 스톡옵션 계약이 조특법 요건(발행 한도, 행사가액 산정 방식 등)을 충족하지 못하면 특례가 적용되지 않을 수 있으므로, 계약서에 특례 적용 문구가 명시돼 있는지 함께 확인하는 게 안전하다.
Q3. 퇴사한 회사의 스톡옵션을 나중에 행사하면 세금이 달라지나요?
재직 중 행사는 근로소득으로, 퇴사 후 행사는 기타소득(세율 22%, 필요경비 인정 없음)으로 분류되는 경우가 일반적이다. 행사이익 규모가 크고 다른 소득이 이미 높은 누진세율 구간에 있다면 기타소득 분리과세가 유리할 수도 있지만, 벤처기업 비과세·분할납부 특례는 재직 중 행사를 전제로 설계된 경우가 많아 퇴사 후에는 적용 여부를 별도로 확인해야 한다.
정리
스톡옵션 행사이익은 원칙적으로 근로소득으로 과세되고, 벤처기업 인증 여부가 세금 부담을 가르는 가장 큰 변수다. 벤처기업 특례를 적용받으면 연 2억 원(누적 5억 원)까지 비과세, 초과분은 5년 분할납부까지 가능하지만, 이는 신청주의로 운영되므로 행사 전에 회사와 특례 적용 여부를 반드시 확인해야 한다. 행사 후 주식을 매도하는 단계에서는 별도로 양도소득세가 따라붙는다는 점도 함께 기억해두자. 본인 소득 구간에 맞춘 세액은 계산기 허브에서 미리 가늠해볼 수 있다.
참고 자료·데이터 출처
본 콘텐츠는 정보 제공을 목적으로 하며, 특정 종목·지역·상품의 매수·매도 권유가 아닙니다. 세금·대출 등 개인별 조건은 반드시 관련 기관 또는 전문가에게 확인하시기 바랍니다. 투자와 거래의 책임은 본인에게 있습니다.
데이터로 경제를 읽는 리지노믹스 운영자입니다. 한국은행·KOSIS·국토교통부 공공데이터를 직접 내려받아 검증하고, 계산기와 실거래 데이터로 “내 상황에서 얼마인지”에 답하는 글을 씁니다. 모든 글은 1차 출처를 명시하며, 특정 상품·지역의 매수 권유를 하지 않습니다.